Cuernavaca proviene del vocablo Cuauhnahuac, que significa “junto a los árboles”. Fue fundada por los Tlahuicas, una de las siete tribus nahuatlacas.

El códice Mendocino menciona que Cuauhnahuac fue un pueblo conquistado por Acamapichtli, más tarde por Itzcóatl y finalmente por Moctezuma, por lo que fue una ciudad tributaria de los aztecas hasta que arribaron los conquistadores.

En 1523 Hernán Cortés fundó en ésta región la iglesia de San José en Tlaltenango, construyendo también la primera hacienda azucarera, siendo esta una de las principales actividades económicas durante la colonia.  Para 1526 Cortés construyó el Palacio de Cortés donde vivió con su esposa Juana de Zúñiga, y posteriormente edifica las haciendas en Amatitlán y Atlacomulco. Por cédula real, en 1529 se le concede a Hernán Cortes el título de Marqués del Valle de Oaxaca.

La orden religiosa de los Franciscanos llega a la ciudad en 1529 y de allí se extendieron a más territorios del actual estado de Morelos. Los primeros religiosos fueron: Martín de Lua, Francisco Martínez, Luis Ortiz, Juan de Cervo, Francisco de Soto, Andrés de Córdova, Martín de Jesús, Juan Juárez, Juan de Motolinía y el lego Juan García de Cervo.

Cuando la Nueva España se organizó en provicias, Cuernavaca quedó comprendida dentro de la provincia de México y así continuó todo el virreinato.

Cuernavaca es privilegiada geográficamente y fue punto de paso para muchos de los movimientos independentistas. Incluso uno de los personajes importantes de la independencia Don José María Morelos y Pavón, al caer prisionero en Texmalaca en 1815 y ser trasladado a la Ciudad de México pernoctó varios días preso en el Palacio de Cortés. Más tarde, Agustín de Iturbide pasó junto con su ejército por Cuernavaca en 1820 y 1821.

Consumada la Independencia y de acuerdo a la Constitución de 1824, el actual Estado de Morelos formaba parte del Estado de México entre 1827 y 1829, con el nombre de Distrito de Cuernavaca.

En 1834 es en Cuernavaca en donde Ignacio Echeverría y José Mariano Campos redactan el Plan de Cuernavaca, que permite a Antonio López de Santa Anna derogar la Ley de Patronatos Eclesiásticos, desterrando a Valentín Gómez Farías. Al triunfo de este pronunciamiento, la Legislatura del Estado de México concede a Cuernavaca el título de Ciudad, el 14 de Octubre de 1834.

Durante la intervención Norteamericana de 1846-1847, Cuernavaca fue tomada por la Brigada del General Cadwalader y se le obligó al pago de contribuciones.
En 1854 el General Juan Álvaréz, siendo jefe de la sublevación de la Revolución de Ayutla, llega a Cuernavaca y nombra una junta de representantes para elegir un Presidente interino. La junta elige al propio Álvarez y algunos países otorgan su apoyo como Estados Unidos, Gran Bretaña, Bélgica, Chile y Guatemala, entre otros. El nuevo Presidente jura guardar el Plan de Ayutla y se sucede una guerra, ya que los conservadores rechazan la Constitución liberal de 1857.

En Cuernavaca Juan Vicario se pronuncia con el grito “religión y fueros” en 1858 y en 1858 se crean los distritos de Cuernavaca, Morelos, Jonacatepec, Tautepec y Tetecala.

En 1862, el presidente Benito Juárez busca facilitar las acciones contra los franceses y divide el Estado de México en tres distritos militares, de los cuales Cuernavaca queda agrupado con Yautepec, Morelos y Tetecala y comandado por el General Francisco Leyva.

Durante el imperio, Maximiliano convirtió el jardín Borda en su residencia veraniega y compró en el cercano pueblo de Acapantzingo un terreno donde mandó construir un chalet. Esta circunstancia hizo que mejorara el camino de México a Cuernavaca.

En los últimos años del imperio, en 1867, las fuerzas republicanas de Francisco Leyva, Ignacio Figueroa e Ignacio Manuel Altamirano, sitian Cuernavaca en donde estaba atrincherado el General Joaquín Ayestarán, mismo que sería derrotado y muerto por el ejercito de Leyva.

En 1869 se crea el Estado de Morelos y se elige al General Leyva como primer gobernador y el 16 de noviembre de ese año la Legislatura declara a Cuernavaca como capital del estado.

En 1877 bajo el mandato de Carlos Pacheco, se inician las obras de la carretera Toluca-Cuernavaca, y del ferrocarril de México a Cuernavaca.
Para conmemorar la promulgación de la Constitución de 1857, se inauguró en 1882 el teatro Porfirio Díaz de Cuernavaca, y el 20 de mayo se estableció el primer Consejo de Salubridad en el Estado.
En marzo de 1903 se fundó el Banco de Morelos.

Para 1909 al crecer las inconformidades contra la dictadura de Díaz, se formaron en Cuernavaca grupos de anti-reeleccionistas y comenzaron a operar guerrillas comandadas por Genovevo De la O. En ese mismo año Emiliano Zapata asumió la jefatura de la República y designó a De la O jefe de la zona oeste y sur de Cuernavaca.

En 1915, el gobierno de la convención revolucionaria es transladado a Cuernavaca y en 1918 la influenza española merma gravemente la población de la ciudad, reduciéndo la cantidad de habitantes a solamente 3000.

Con el asesinato de Zapata en Chinamema, toda la actividad revolucionaria disminuye por lo que las actividades regresan a la normalidad.

En 1920 el general Obregón sale de Cuernavaca después de conferenciar con los revolucionarios y se dirige a la toma de la Ciudad de México.

El Presidente Madero visitó Cuernavaca al triunfo de la Revolución Maderista, el 12 de junio, concurriendo a un banquete en el jardín Borda.

El 15 de junio de 1912 falleció en Cuernavaca Francisco Leyva.

En febrero de 1913, cuando se desarrolló en la capital del país la Decena Trágica, un grupo de rebeldes zapatistas voló un tren militar que iba con rumbo a Cuernavaca.